阿功回去后做出了有灵魂的精灵玻璃器皿，送给了小新一行人作为了礼物，小新等人告别了阿功和正美。继续踏上了新的旅程。
小新等人在大海上顺利的航行，小建问到波克比很大了怎么还没有学会技能，小霞说有教过，但是波克比没有用过，觉得波克比是大气晚成的，小智嘀咕道有些家长就是傻瓜，被小霞一顿揪耳朵。然后小新几人遇到了大海的漩涡。就被卷入进去，小新来不及救援了，放出化石翼龙载着自己，收回了暴鲤龙，朝着前面的小岛飞去。
小智几人被海浪冲上了岸边，小新一顿好找，终于在海岸悬崖边找到了昏迷的几人，成功唤醒了小智几人。
小新带着几人来到岛屿上遇到了粉红色的精灵，小建跑去观察它，在小智和小霞的一番斗嘴后，小智跑过去触摸粉红色的铁甲爆龙，小智成功的激怒了铁甲爆龙，铁甲爆龙一直追逐着小智等人，小新看着不妙放出了快龙成功飞到了空中，小智等人被波克比的挥指功，使出来瞬间移动逃过一劫，铁甲爆龙一不小心跌落了悬崖，卡在了一颗树上面。
小新几人然后准备对着铁甲爆龙展开了救援，君沙小姐开着车来到了小新几人旁边，一边下车一边喊到。
“你们几个在做什么，平柑岛是不允许被进入的岛屿。”
在小新几人一番解释后，君沙小姐让小新几人救援铁甲爆龙，小新放出了鬼斯，对着铁甲爆龙使用了催眠术，再让快龙把铁甲爆龙抓了上来，铁甲爆龙平安后，小新几人和君沙小姐交流一番。
小智的皮卡丘吃了平柑果，身体部分被染成粉红色的了，小智问到君沙小姐解决办法，君沙小姐告知了，平柑果的用途。小新几人知道了也就没在意皮卡丘的颜色，小新找到了一些平柑果的种子，准备带回生态园培育。以后参加华丽大赛的人可以出售给他们。
在火箭队三人组再一次的捣蛋被小新击飞后，小新等人平柑岛画上了帷幕。
小新几人朝着下一个岛屿出发了，天气晴朗，海浪稳定，心情舒畅小新等人在大海里悠闲的旅行，突然遇到开着快船的人把海水击飞到几人身上，看着旁边不远的小岛，小新一行人也去了那个小岛，刚到岛上，就看到了新闻采访人员开始报道，准备和发掘调查队的人员探索这个小岛的化石盔的行动。
小新一行人来到了发掘基地，原来发掘人员证实这个小岛有化石盔。
“化石盔有这么稀奇的吗？”小智说到。
“对于很多研究人员化石盔很稀有的。”小建回到。
“可是小新有很多化石盔，镰刀盔，菊石兽，多刺菊石兽，还有一只化石翼龙啊。”小智无辜的说到。
小建大吃一惊，随后看着小新，随后问到。
“小新你有很多古代精灵吗？可以让我观察一下吗？”
“我现在只带着化石翼龙，其他的精灵在我家里面的生态园，等以后你去到了真新镇，你可以去观察。”
小建笑了点一下头，随后小新等人跟着发掘人员待在了一起。采访现场出现了乔伊小姐，小新等人过去一起聊天，还对着镜头刷了刷存在感。随便小新几人加入发掘队开始挖掘化石，然后意外不断，最后找到了捣乱的老爷爷，老爷爷开始讲了一个故事，红色的月亮升起，灾难就会发生，小新等人和乔伊小姐的发掘工作继续，找到了一个洞可以，洞窟里面很多的化石，等发掘人员集齐好多化石，火箭队三人组来捣乱了，炸开了洞窟的顶部，准备抢夺化石，再一次被小新击飞了。
这时红色的月亮升起，红色的光芒照耀着化石，化石盔复活了，整个岛屿都在震动，小新一行人坐着精灵，船只跑到了海上，采访人员的器材被弄丢在洞窟里面，没过多久时间，整个岛屿消失了，复活的密密麻麻的化石盔，原来这个岛屿是化石盔一层层叠加建立的。小新一行人解开了化石盔岛屿的谜底。
小新等人再一次出发了，来到一个叫做哈撒岛的岛屿停留，在这里精灵在这里嬉戏玩耍。然后可达鸭睡着了，然后不见了，小新一行人连忙的照着，还是没有找到可达鸭。在一阵聊天后，划着船的一个小姐打断了小新几人的对话，原来她救了可达鸭，在一番自我介绍下，知道了小姐姐的名字叫做小樁，发现了可达鸭准备进化的结果。小霞和小樁都是很喜欢水系精灵的训练家，两人展开了对战，还在哪里自吹自擂。
小新几人都很无语，小霞遇到了一只野生的哥达鸭帮住小霞答应了比赛，后面小霞准备收回来的时候，从精灵球里面跳出来了一只可达鸭。小霞心情一下子低落了起来。野生的哥达鸭跑了。小新几人分别了小樁踏上了新的旅程。
小新几人安静的旅行着，遇到了一个划船超级快的乔伊小姐，小新几人看着有急事的乔伊小姐，小新几人连忙跟着过去。上到了岛上遇到了一只巨大的鲤鱼王，看着乔伊小姐帮鲤鱼王喂了钙片，随后小新几人和乔伊小姐自我介绍一番，原本小新还想收服巨大鲤鱼王的，但是看着鲤鱼王和乔伊小姐相处很好的时候算了。乔伊小姐邀请了小新几人去到了精灵中心吃饭，顺便检查了精灵的健康。
为了报答乔伊小姐，小新几人跟着乔伊小姐巡回治疗精灵，忙碌一天，火箭队三人组开始来捣乱了，巨大鲤鱼王一直跟着小新几人，看到乔伊有危险，进化成为了暴鲤龙，把火箭队三人组击飞了。在和乔伊小姐分别的时候，乔伊小姐指导了小新几人去奈普鲁岛屿去，因为哪里有道馆。
小新几人开始了朝着新的岛屿出发了，在路上小心几人聊到了乔伊小姐和巨大暴鲤龙的感情。小新几人不由的感叹着。
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