小新让先服用中级资质药水的5只精灵服用了高级资质药水，让其他主力服用了中级资质药水，生态园区出现不同属性精灵的场地。
小新赶紧查看了自己的数据面板。
“姓名：小新
“性别：男
“称号：冠军训练家，道馆培育家
“能力：探测
“装备：超进化钥匙
“精灵：神兽喷火龙，神兽比雕，大针峰90级（生态园里），毒刺水母95级，鬼斯98级，快龙95级，快龙（小）87级，暴鲤龙74级（在生态园里），神兽耿鬼，神兽胡地，神兽胖可丁。
“生态园：皮卡丘一族，水箭龟一族，茂瑙水母一族，疗养院的精灵，妙蛙花一族，古代神奇宝贝和化石翼龙78级。
“任务：在橘子群岛取得冠军，抽奖5次。
“背包：精灵图鉴、精灵球N个，其他精灵球一堆，资质药水（小）N个，资质药水（中）90个，杂物一大堆。
小新一行人来到了精灵研究所，大木博士拜托小新一行去橘子诸到到岱柑岛一趟，去内木博士哪里拿到神秘精灵球GS球，小新一行人，欣然接受了。
小新的精灵拥有了2只神兽，准备一个人先到米亚查山，放出了神兽耿鬼，在派出了千年耿鬼根神兽耿鬼交谈，交流一会，耿鬼表示打败自己才可以接受收服的事实，小新放出了神兽喷火龙和神兽耿鬼对战，在双方势均力敌的请看下神兽耿鬼和喷火龙气喘吁吁，谁也奈何不了谁，等双方体力不支的时候，小新收回了神兽喷火龙，放出了神兽比雕，最后耿鬼表示承认了小新的实力，小新带着精灵去到了大木博士研究生检查精灵的状态。
回复体力后，小新在一次来到了米亚查山，放出了神兽胖丁，小新又放出了自己2只神兽和神兽耿鬼，神兽看着3只实力相差不大的精灵，表示承认了小新的能力，胖丁也接受了被小智收服的事实，最后小智放出了神兽胡地，胡地一脸懵的看着对面4只神兽，也表示了对小新收服的事实。
就这样小智把3只巨大精灵真正的收服了，来到了生态园，小新把神兽耿鬼放到了鬼屋，让胖丁和比雕待在了森林场地，把胡地放在了草原场地，然后带着神兽喷火龙，千年鬼斯，2只快龙和化石翼龙，一只暴鲤龙和小智几人汇合。
在家里收拾了旅行的物品，准备出发到岱柑岛去，小新几人来到了出发的野地森林，小智遇到了第一次出发用石头砸到脑袋那只烈雀，烈雀进化成为了大嘴雀，然后带着一群烈雀朝着小新几人发出了攻击。
小新看不下了，发出来快龙，对着一群烈雀使用了打雷，等级不高的烈雀群和大嘴雀一招就失去战斗能力，小新丢出了精灵球，把所有烈雀群和大嘴雀收服了。烈雀群传送到了生态园，生态园里面有自己的高级精灵，估计烈雀群也不敢在生态园放肆，生态园的精灵吃喝不愁。也不用争夺地盘。毕竟生态园的精灵还没有很多。
小新几人走着走着遇到了波波群，看着波波被烈雀欺负的不像样子，小智再次放出了快龙把波波群也收服了，精灵球在一次传送到生态园，自己的比雕以后可以找到合适的伴侣，生下资质等级高的波波了。小智的比比鸟也在这一次的时间进化成为了比雕。
小新一行人走到一个精灵商店，买东西送抽奖，小新和小智买了很多食物，小智不知道是不是人品爆发，抽中了岱柑岛三人的飞行船的免费卷，小新只抽到了一块雷之石，小新几人朝着飞行船的地点走去，小新决定买一张票，四人就可以搭乘飞行船去到了岱柑岛。
小新一行人坐上飞行船，可是飞行船破破烂烂的，胖丁也跟着混上了飞行船，就这样小智顺利的坐着飞行船出发了。
小新一行人历经了千辛万苦终于到达了岱柑岛了。
天气太热了，小新等人走了很久，看见了眼前的城镇，大家都非常的兴奋。来到城镇的精灵医院，检查了精灵的健康，还问到内木博士的地址。小新一行人朝着内木博士的研究生走去，走了一段时间，来到了研究所门口，进入研究所，没看到了人，大声问候了，出现了三胞胎小妹妹，在一阵的交流后，三胞胎小妹妹带着小新一行人去后面的海滩找内木博士。
小新几人找到了博士，在博士家里面拿到了GS球，内木博士带着小新一行人参观了研究所里面的精灵，发现了这里的精灵跟大陆精灵有点差异化。最后小刚别人要留下帮内木博士的忙。
小新3人分别了小刚和内木博士，开始了橘子群岛的旅行。小新几人回到飞行船准备回家了，可是飞行船的火箭队三人组又出现了，小新刚准备和火箭队对战，胖丁又跑了出来，开始唱歌了。
火箭队见事情不妙，打开了舱门，开始跳伞了，小新等人睡着了，没有驾驶的飞行船会飞向何方呢。
飞行船不知道飘荡了多久，然后迫降在一个小岛上，小新几人爬出了飞行船，看到了一片森林，小新几人在森林走着，走了很久没遇到了一个人。刚休息没多久，就出现一堆大爷大妈，看着皮卡丘和波克比各种拍照。
大爷大妈走了，小新几人顺路来到了人口繁多的门口，原来是来到了澎柑岛了，还在主题公园里面。
小新几人在澎柑岛逛着逛到了海滩，遇到了一群不良少年正在欺负乘龙，小新几人看不下去了，随后一番对话，不良少年准备挑战南十字星，随后和小智对战起来。
不良少年放出了烈雀，大针峰，艾比朗，小智派出了皮卡丘，小新让化石翼龙上场，刚准备对战，突然出现了一个少年，拿出来画笔和本子观察着小新和小智还有不良少年的精灵。
看着不良少年的精灵，发现培育的不够好，看着小智和小新的精灵，发现培育的非常好，少年还想测量皮卡丘的电力，不良少年发出攻击，被皮卡丘的十万伏特一招攻击，不良少年和精灵还有少年都被电到焦黑，少年说到。
“无法测量。”
不良少年直接逃跑了，小新几人非常开心。少年发现乘龙的情况不妙，给了小新几人急救的药，自己则跑去找乔伊小姐，小新几人想让乘龙喝药，但是乘龙不想喝，最后小新几人带着乘龙来到了精灵医院，乔伊小姐检查了一下，告诉小新几人，乘龙休息一会就好了。
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