皮皮着急从深处跑着，突然在一个拐角遇到了火箭队的喵喵捣乱，想把皮皮抓起来。在一阵对话中。火箭队的经典台词又出现了，对话交流中，知道研究人员叫做李科。
小新一行人当然不放过他们，纷纷丢出自己精灵去作战。
“去吧喷火龙。”
“上吧巴大蝴。”
“登场吧宝石海星”
“去吧精灵球，超音蝠。”
原来小刚在洞口外收服一只超音蝠，火箭队三人组不甘示弱的反击开始，纷纷丢出自己的小精灵。
“出来吧，瓦斯弹。”
“上场吧，阿伯蛇。”
“瓦斯弹，使用烟雾。”
“巴大蝴，使用吹散。”
“超音蝠，我们也适用吹飞。”
“喷火龙，使用龙之怒。”
“宝石海星，使用水枪。”
火箭队被小新一行人打出洞窟口，皮皮一直跑到了另一个洞窟的口外面，研究人员李科也跟着去，喵喵乘小新一行人在战斗，偷偷的跟在了研究人员李辉的后面。皮皮一直向月见山的顶峰跑去，研究人员李科也一直跟着去，喵喵还在后面偷偷的跟着，小新一行人打跑了武藏，小次郎，也追上了皮皮它们。跑了一段时间，夜色降临，皮皮，小新他们一行人也爬到了顶峰。看见一颗超级大的月之石。刚开始的皮皮把手里拿着最后的一下块月之石放在了大月亮石旁边，月之石散发着刺眼的光芒，然后一大群皮皮一族跑了出来观看，小新他们觉得真是美丽无比。皮皮拉着皮卡丘说了些什么。
皮皮围绕着月之石跳起了舞蹈，脸色开心的笑着。
“小智以为要更皮皮一起跳舞。”
皮卡丘嫌弃的眼神，两只小手交叉，说不对，皮卡丘把皮皮举了起来，一直诉说什么事情。
“原来是要保护皮皮，对不对，皮卡丘。”小霞说到。
皮卡丘高兴的点了点脑袋，然后跳起来把小智的头发拔了一根。皮卡丘一副在猜猜的样子。
“是不是神，保护皮皮的神。”小刚说到。
皮卡丘开心的跳起来，原来皮皮在想古代的时候祈祷神保护它们。一阵经典台词又出现，喵喵带着火箭队三人也找到了顶峰。火箭队想要夺取所有月之石，研究人员李科兴冲冲的重来过去，被喵喵三人洗刷。
看不下去的小新纷纷又丢出自己的精灵。然后在小新一行人集火下，火箭队又一次被打飞了。月之石散了撑很多小碎片掉了下来，有些皮皮也进化成皮可西了。
看着进化的皮可西，皮皮们，小新对着研究人员李科说到。
“李科，皮皮，皮可西比较稀有，你让我把它们族群收服吧，我要让皮皮，皮可西它们去到大木博士那边寄养。”
李科考虑一会也觉得，皮皮，皮可西继续呆在这里容易被盗猎，对着小新说到。
“行吧，比较放在大木博士研究院很安全，可以防止皮皮，皮可西一族被盗猎。”
小新对着皮皮一族，让它们去到安全的地方生活，皮皮一族也很开心。就这样皮皮一族，皮可西被小新全部收服了，6只精灵球就会强制传送，除了呆在身上的3只皮皮，其他的都传送到大木博士的家里了。
小新一行人收集很多了月之石的碎片，就这样的离开了峰顶。看着天色很晚，小新一行在森林了住了一个晚上，大算明早启程去华蓝市。
一大早，阳光明媚，空气清新，小新起来和精灵一起训练，训练了一会，其他人才悠悠的起床，在小刚丰盛的早餐下，人与精灵相处很和谐。吃完早餐，小新一行人准备上路了，路上小心还是一边锻炼精灵，一边和小刚请教培育精灵。小新的培育经验蹭蹭的涨。
终于走到一个三岔口，上面写着华蓝市这边走，牌子上还有小茂的涂鸦，嘲笑小智是笨蛋。小智气冲冲的跑到了前面。
而小霞看着华蓝市一脸忧愁，妥妥啦啦的走在后面，小新知道小霞是华蓝市道馆的幺妹，小智不知道。小霞不想让小新一行去华蓝市，还在那摆鬼脸，说华蓝市闹鬼，小新三人哈哈的笑着。还是觉得去华蓝市。
刚到华蓝市的路口，小霞就消失了，小智跟小刚觉得很奇怪，小新知道剧情反正无所谓，然后华蓝市里面空荡荡，不知道人去哪里了，就在走在一个商业大厦的地方才知道这里有小偷偷走了一下东西。
然而君沙看着小智和小刚，有点可疑，心里猜测小智他们是犯罪分子，在一阵交谈中，小智和小刚拿出证明身份的东西，君沙小姐才打消了怀疑。小新带着小智去精灵医院去传送那3只皮皮，顺便打个视频电话给家里的妈妈，和大木博士。
跟妈妈闲聊一会，小新打个了大木博士。
“是小新啊，你最近怎么穿回了一大群皮皮一族。”
小智跟博士讲了事情的经过，大木博士了解过了，就没在说什么。小智听见了小新去打道馆，心里也是斗志满满。
到了才发现华蓝市道馆在表演水中巴黎秀，不过小新也不在乎这一会时间，等她们表演了就可以对战了。
水中巴黎的表演，让在场的观众兴高采烈的，表演过后，小新和小智准备挑战道馆，被告知已经没有精灵可以对战了，准备免费送给他们。小智觉得没有对战，拿了徽章没有意义。
突然，小霞跳了出来想要跟小新他俩对战。
然后比赛开始了。
小智先上车，想用皮卡丘打第一场，结果皮克丘跟小霞太熟了，不愿意上场。小智觉得用巴大蝴上场，小霞用了海星星作为第一只上场的精灵。
“去吧，巴大蝴。”
“去吧，海星星。”
“巴大蝴，冲击，然后睡眠粉。”
“海星星，我们也用冲击，然后水枪攻击。”
小智和小霞一番龙争虎斗的相互攻击着，巴大蝴不小心被击落到水里了，小智收回了巴大蝴换上了比比鸟，不过，意外发生了，突然，可恶又惹人讨厌的火箭队又出场了，经典台词又来了一遍。小智和小霞的比赛中止了。
火箭队用偷来的大型抽水及机器想抽完池子里的水。
小新和小智怎么可能让他实现，纷纷丢出自己的精灵。
“去吧，喷火龙。”
“去吧，皮卡丘。”
“喷火龙，使用火花。”
“皮卡丘，使用十万伏特。”
就这样火系加雷系产生的大爆炸让火箭队三人组炸飞了。为了感激小新和小智，华蓝道馆三姐妹给了华蓝道馆徽章。
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