而越后上杉家方面可不打算理会足利义藤这样不计是非的任命，直接对外宣称不承认武田晴信这个新任信浓守护，还依旧认可小笠原长时为信浓守护。
在越后上杉家的影响下，割据在水内郡、高井郡以及北安昙郡各地的高梨政赖、饭森春盛、井上清政、岛津忠直、须田满国、泉重岁、落合志吉等越后上杉家旗下的北信浓诸将也都纷纷拒不承认武田晴信叙任信浓守护。
不仅如此，远在出羽和磐城的大宝寺家、小野寺家、相马家、田村家、户泽家、寒河江家、天童家、延泽家、白鸟家等大大小小的大名、国人领主都先后派遣使者前往越后府中，恭贺越后上杉家在川中岛一带击败武田家，并表示完全支持越后上杉家的做法，也认可小笠原长时依旧是信浓守护。
为了防备武田家再次侵攻北信浓诸郡，在八条景定的建议下，上杉政虎便转封赤田城城主斋藤朝信至北安昙郡的仁科乡，任仁科城城主，领一万五千石知行，同时担任安昙郡郡代；上田众桦泽城城主栗林赖忠转封至埴科郡屋代城，领九千石知行，同时担任埴科郡郡代；薭生城城主平子房政转封至更级郡牧之岛城，领一万石知行地，同时担任更级郡郡代。
由于越后上杉家与武田家缔结和约的内容，使得仁科盛能不得不退出原先的本据仁科城，将新的本据定在了南安昙郡的古厩城。至于仁科家损失的领地，武田晴信则是以小笠原家旧臣二木家的部分领地来赔偿给仁科盛能，并且免除了仁科领三年的劳役。
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