移居西苑后，朱厚熜与外界接触极少，除方士外，朝臣中只有严嵩能够见到他的面。于是严嵩便利用独承顾问的有利地位，排挤其他阁臣。朱厚熜下的谕旨，他都尽可能不让别的阁臣知晓。这样，他就可以按自己的意志处理朝政。对于内阁最重要的票拟之事，严嵩更是抓住不放，不允许别的阁臣参与其间。严嵩此人机敏，善于揣摸皇帝的意向。他入阁时已六十多岁，年纪毕竟大了，反应也渐渐迟钝。但他仍不准其他阁臣插手，而是让其子严世藩代行。内阁之外，严嵩对各府院部衙门也加紧控制。他遍引私人居要地，形成严密的亲信势力网，以掌握大权。严嵩父子窃取朝中大权后，贪赃枉法，疯狂攫财。内外官员升迁任免，多以贿赂多寡而定。这造成政以贿成，吏治极为腐败的局面。在这种情况下，嘉靖朝政日益腐朽，社会矛盾和危机也就日益尖锐和严重了起来。
嘉靖四十一年（1562年），邹应龙告发严嵩父子，朱厚熜下令逮捕严世蕃，勒令严嵩退休，徐阶则取代严嵩为首辅。嘉靖四十四年（1565年）三月，严嵩之子严世蕃被杀。可惜这样的举措来得太晚，自毁倒计时的大明朝只是被按下了暂定按钮。
倭国的战国时代已接近尾声，织田信长取得美浓，决定采用华夏周朝立于岐山后，打倒殷朝统一天下的故事，将美浓国旧主土岐氏斋藤氏的据点井之口改名为岐阜。此时开始使用“天下布武”印，并正式以统一全果为目标。仅过了两年（1568年），织田家的傻子就拥立足利义昭为第15代将军并开始上洛。
阮潢表现出的恭顺令郑检十分满意，就在1566年年末，郑检召回了广南总兵，命阮潢兼领广南，每年向朝廷上缴银400斤，帛500匹即可，等于将安南南方的统治权交给了阮潢，为郑阮之争埋下了祸根。
1566年，暹罗阿瑜陀耶王朝马欣国王与彭世洛王（摩诃·昙摩罗阇）发生内讧，恢复元气的东吁国王莽应龙抓住这个千载难逢的机会向阿瑜陀耶王朝不宣而战，一举攻下了阿瑜陀耶城，暹罗暂时纳入了东吁王朝的版图。
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