这件事的逻辑关系有点烧脑，要从艾伦获得的巨人之力说起。
巨人其实并非像城墙内的政府宣称的是突然出现，墙内的王族本身就掌握巨人之力，他们就是巨人的起源，他们知道一切的真相，偏偏隐瞒一切，让统治下的人们像家畜一样被圈养，调查兵团建立的真正目的，也就是安抚墙内的人们的情绪，顺便干掉一些不安分的家伙。
最初的巨人诞生于2000年前，是一位名为尤弥尔的奴隶少女，也就是初代始祖巨人，她能变成巨人的原因是被脊髓虫附身，所谓脊髓虫又叫“有机生物的起源”，反正就是一个设定，倒也不必深究。
尤弥尔死后，她的三个女儿玛利亚、罗塞、希娜，吃下了她的尸体也获得了巨人之力，但是，获得巨人之力的代价是只有13年的寿命，三人的后代照着同样的方法获得巨人之力，渐渐地，巨人之力分化为九大巨人，分别是始祖巨人、超大型巨人、进击的巨人、女型巨人、铠之巨人、颚之巨人、兽之巨人、战锤巨人、车力巨人。
九大巨人各有各的能力，其中始祖巨人和进击的巨人的能力最为特殊，始祖巨人为九大巨人之首，可以控制除进击的巨人外的其他一切巨人和具有尤弥尔血脉的人，包括对巨人发号命令、控制巨人身体、修改尤弥尔子民的记忆，甚至生理功能、免疫能力等；进击的巨人可以观察过去与未来每一任宿主的记忆，并且能借此干涉过去来改变现状。
巨人始祖尤弥尔嫁给了当时的一位国家的国王初代弗里茨王，也是烧毁了她家乡，并把她变成奴隶的家伙，此后，初代弗里茨王利用巨人之力消灭了当时的世界强国马莱帝国，建立了世界霸主艾尔迪亚帝国。
此后的长达1700年，艾尔迪亚帝国进行了的民族种族净化，强迫其他民族为自己繁衍子孙，增加具有尤弥尔血脉的“尤弥尔子民”的数量。
直到145代弗里茨王卡尔·弗里茨，也就是百年前，马莱英雄荷洛斯趁艾尔迪亚八大巨人家族内斗，联手战锤巨人家族戴巴家族打败了艾尔迪亚第145代弗里茨王卡尔，把被奴役千年的马莱以及其他国家，从当时的世界霸主艾尔迪亚帝国的统治下解放，成功策反了七个巨人，卡尔·弗里茨王就此率领部分艾尔迪亚民众撤离到帕拉迪岛。
其实，所谓的英雄荷洛斯就是是卡尔·弗里茨自己，他厌倦了艾尔迪亚帝国持续不断的战争，自导自演了这么一个戏码，带领绝大部分艾尔迪亚人迁移到帕拉迪岛，用始祖巨人的力量以众多50米高的巨人为材料，建立起三道城墙，以始祖巨人之力消除民众记忆，并以众多的巨人为缓冲区，从此与大陆马莱政权互不相干。
王族也改姓氏为“雷伊斯”，卡尔·弗里茨还与始祖巨人立下了一个“不战之约”，将自己的思想在死后传承给后世的继承者，是以，后来王族的始祖巨人都会变得消极避战，继承不完全的话，精神还会出问题。
这才是历史的真相，也可以说是《进击的巨人》的真正的背景设定。
再说回艾伦·耶格尔，他的父亲格里沙·耶格尔，本来是马莱帝国那边被收容的艾尔迪亚人，因为反抗政府被揭发，逃到了帕拉迪岛，从他的救命恩人艾伦·克鲁格身上继承了进击的巨人。
接下来，让人喷粪的剧情来了，马莱人为了帕拉迪岛上的资源，派了国内的巨人来夺取“始祖巨人”，超大型巨人击破玛丽亚之墙以制造混乱，方便他们混入。此时，格里沙·耶格尔受到来自未来的艾伦记忆影响，跑去吃掉了王族雷伊斯家的长女芙莉妲兰斯，夺走其身上的始祖巨人，之后又把艾伦变成巨人，让他吃掉自己使艾伦继承了“进击的巨人”和“始祖巨人”。
类似于那个王卡尔·弗里茨，艾伦·耶格尔也是一个优秀的导演兼编剧，他亲眼目睹母亲被吃的戏码，其实是未来的他控制的，也包括调查兵团的人被杀一类的，这就让人无法理解，什么样脑回路的人才会作出这样的事情？竟然还说是为了友情和爱情！
《进击的巨人》最后大结局也是艾伦·耶格尔搞出的一场戏，开始他还试过改变未来，后来，发现未来不可改变，于是，他发动了“地鸣”，也就是释放那些用来建墙的巨人，以庞大的数量和体型踏平一切，屠杀了世上八成的生命，完全一副灭世大魔王的姿态，而他的真实目的是让他在调查兵团的同伴杀死自己，成为拯救世界的英雄，然后他们就可以带领大家过上正常幸福的生活，感情世上八成人的生命都不如他那些个朋友，这个计策简直是可笑至极，让之前的许多铺垫都变得毫无意义。
另一个让粉丝怒不可遏的是，艾伦·耶格尔有个青梅竹马的女朋友三笠·阿克曼，一直为保护艾伦而战斗，两人共同扶持，一步步走来，到了最后，艾伦竟然要把她让给他人，又说希望她能在自己死后十年不要忘记自己啥的，让三笠砍下自己的脑袋，牺牲自己一个人，换来了世界的和平，朋友们的幸福，真伟大……呵呵！
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